Film Zanim kogut zapieje porusza jedną z najważniejszych kwestii moralno-duchowych: kwestię słabości znamionującej ludzką drogę ku Boga. Słabość ta dotyczy każdego człowieka, bez wyjątku, nawet tych, którzy z racji powołania i funkcji sprawowanej we wspólnocie religijnej winni szczególnie dbać o głęboką więź z Bogiem, dając przykład innym wierzącym. Obraz nawiązuje świadomie do ewangelicznej opowieści o zaparciu się św. Piotra, pierwszego z apostołów, i właśnie w niej należy szukać klucza do interpretacji filmu. (Świadczy o tym zwłaszcza scena rozmowy ojca Daniela z biskupem).
Słabość w filmie dotyka właściwie wszystkich, którzy są uciskani przez komunistów. Ukazują to postaci kolaborujące z wrogim religii reżimem lub tylko mu posłuszne, jak choćby matka, która nie chciała ukryć Księdza w strachu przed konsekwencjami ze strony władz, lub chłopiec, który go zadenuncjował za kilka kostek cukru. Chociaż ludzka niewierność Chrystusowi i Jego Ewangelii, nakazującej miłość do drugiego człowieka, ujawnia się w różny sposób w różnych dziedzinach życia, stanowi ona właściwie nieodłączną cechę ludzkiego bytowania.
W ostatecznym rozrachunku film Zanim kogut zapieje ukazuje, że cierpienie powodowane zdradą osobistej więzi z Bogiem, jakim jest grzech, jest dla człowieka oczyszczeniem i stanowi przygotowanie do tego, aby uwierzyć całkowicie w miłosierdzie Boże. Ból rozpoznania własnej słabości nie tylko oczyszcza zmagającego się ze skutkami grzechu człowieka, ale wypala w nim resztki złudzenia, że może być w jakiś sposób godny Bożej miłości. Uświadamia, że na dar miłości niczym nie można zasłużyć. Człowiek nie potrafi wiernie miłować Boga o własnych siłach, konieczna jest do tego łaska Boża, czyli Jego miłość. Możemy kochać Boga tylko miłością, która od Niego pochodzi i jest ona darem całkowicie niezasłużonym, darmowym. Wyznanie własnych grzechów w sakramencie pojednania, przyznanie się do winy oraz pokuta, uzdalnia nas do przyjęcia od Boga daru Jego miłosierdzia, wysłużonego dla nas na krzyżu przez Jezusa Chrystusa.
